继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
网友评分95人已评分
4.0
昆塔·布伦森 泰勒·詹姆斯·威廉姆 贾内尔·詹姆斯 丽萨·安·沃尔特 克里斯·佩尔费蒂 威廉·斯坦福德·戴维斯 雪莉·李·拉尔夫 杰里·麦纳尔 马修·劳 劳伦·维德曼 凯特·弗兰纳里 吉姆·拉什 杰弗里·欧文斯 玛德琳·斯威顿 Aiden Cardei
艾伦·旁派 帕特里克·德姆西 钱德拉·威尔森 吴珊卓 贾斯汀·钱伯斯 小詹姆斯·皮肯斯 莎拉·拉米尔兹 凯文·麦克基德 杰西卡·卡普肖 莎拉·德鲁 杰西·威廉姆斯 卡米拉·卢丁顿 盖乌斯·查尔斯
克莱尔·丹妮丝 曼迪·帕廷金 莱纳斯·罗彻 科斯塔·罗宁 莫瑞·史特林 尼姆拉特·考尔 穆罕默德·巴克里 安德莉·代克 克里夫·张伯伦 杰森.托特纳姆 蒂姆·金尼 艾米·哈格里夫斯 安娜·凯瑟琳·霍尔布鲁克 大卫·亨特 琼乔·奥雷尔 埃米利奥·库斯塔 安娜·弗兰科利尼 乔治娅·古德曼