继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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9.0
昆塔·布伦森 泰勒·詹姆斯·威廉姆 贾内尔·詹姆斯 丽萨·安·沃尔特 克里斯·佩尔费蒂 威廉·斯坦福德·戴维斯 雪莉·李·拉尔夫 杰里·麦纳尔 马修·劳 劳伦·维德曼 凯特·弗兰纳里 吉姆·拉什 杰弗里·欧文斯 玛德琳·斯威顿 Aiden Cardei
艾伦·旁派 帕特里克·德姆西 钱德拉·威尔森 吴珊卓 贾斯汀·钱伯斯 小詹姆斯·皮肯斯 莎拉·拉米尔兹 凯文·麦克基德 杰西卡·卡普肖 莎拉·德鲁 杰西·威廉姆斯 卡米拉·卢丁顿 盖乌斯·查尔斯